有件事，我认为是部分基督徒的误解，他们觉得科学、理性、逻辑这些事都不是上帝的。他们说，信仰是信仰，科学归科学，信仰靠信，不靠理性和逻辑。
这违背了上帝是万能的、包含一切的基本公理。如果科学不是上帝的、独立于上帝之外的、不是上帝控制的或是上帝懒得介入的，那上帝就不是万能的了。科学、理性和逻辑既然存在，上帝又是万能，那就包括它们。这是基督徒必须接受，这些东西也都是上帝的。否则，基督徒就和无神论者一样的了，这些无神论者认为，基督徒靠信念信你们自己的基督就好了，我们相信科学，我们用理性和逻辑，不相信上帝。
因为上帝是万能的、包含一切，基督徒也绝不能把科学拱手让人。
但，因为人是有限的，我们有时发现科学与我们的信仰相悖，但这不是万能的上帝的问题，是我们有限的理解能力的问题。
宇宙的一切依赖于数学和物理规律，上帝创造这个世界是按照这些规律创造的，这和圣经里谈的创世纪是不矛盾的。圣经说的是精神，不可能把细节说的清清楚楚，更不会把数学物理都写进去，否则圣经就成了数学物理生物的教科书。圣经的读者是所有人类，不是学者学生。但这不代表数学和物理不是上帝的，事实上，当我们了解到大自然的规律并看到其中的美，我们才会对上帝的万能更为理解，更加赞叹，更加认识到自己的有限，而不是像物理学家温伯格那样的科学家，发现了物理规律，就觉得这些是他自己创造了一样，到处宣扬上帝的不存在，那既无理性，也无逻辑。
科学规律无论如何不能推导出上帝不存在，虽然很多人不能从科学规律接受上帝的存在。但对基督徒来说，科学应该是加强了我们的信仰，而不是把科学这个上帝存在的好证据掷若敝履。
有人问，上帝为什么要按照规律创造世界？
没有规律什么也创造不出来。上帝是万能的，但不是胡来的。不胡来也彰显上帝的伟大。不过，没有规律什么也没有，也没有我们来问这个问题。规律是自然界的法律。在人世间我们说依法办事是公平的，在宇宙我们也可以说依法运行是公平的。
你又会问，上帝为什么要公平？
从上帝是万能的公理可以推出上帝是公平的。如果上帝厚A薄B，我们就会问，上帝为什么对A有更多的偏爱，有偏爱就代表他有缺陷，他需要这种偏心来填补自己的缺陷，但上帝是万能的，他不需要这种偏心满足他的缺陷，因此他必须公平。也因此他不胡来，公事公办，即一切按规律办事。
也因此，我们会看到上帝“偏向”对称，因为对称公平，人类继承了这个认知，觉得对称是美的。但因为人是有限的，有时也会有“非对称美”这种想法，这是自然的。另外有的时候完全的对称也会产生问题，如宇称不守恒，对称破缺，正物质反物质不完全湮灭等等。这些是对称之外的最小不对称。在物理学中，对称与守恒定律有直接的关系。
另外，人是有限的，也是从上帝是万能的这条公理导出的，否则人也是上帝了，而万能者只能有一个，上帝是万能的，其他就是有限的。我们永远不要自大到认为自己是万能的，能给别人指引方向。我这里也是说明我的理解而已。
上帝是万能的，在他之外没有其它，因此他不能被创造，推出他是永恒的。
只有有始有终的东西才需要创造，如我们的宇宙，按物理学产生于137亿年之前。
上帝包括一切，所以他也不在宇宙之外，宇宙在他之中。
有人还是问，为什么不公平就不能是万能？不能选择性的创造。前面用弥补缺陷来说明不公平就是有缺陷，非万能。还有一个更哲学的回答，那就是：
最大的自由就是最大的必然，只有局部的自由才具有选择性和随机性。
不过上帝还是创造了有规律性的随机性，就是量子。这种随机性是必然性之外必须的最小随机性。就像前面提到的对称之外的最小非对称。
有人问，人能掌控自己的细胞吗？能啊，你不吃不喝，你的细胞就被你饿死了，你控制了。但是你也不能像科学家一样拿着镊子操纵自己的每个细胞。这个也像是测不准原理，研究自己的细胞就破坏了自己的细胞。所以自己的细胞有自己的独立性。
你问我这个是想说明什么呢？也许你是说，上帝包括一切，因此也包括我们每个人，上帝是否可以控制我们，也有我上面讲细胞的类比性。
你问我按照圣经，人是上帝按照他自己的形象造的，那么人也应该是无限的吗？是，看在哪方面说，有些方面，我们也是无限的，但总的来说，人是有限的，与上帝的万能来比，就是极其有限。
有没有超人？
上帝为了让人能够从有限的人类角度看到他，化身成耶稣基督，或者说他的一部分，或者说派他的儿子耶稣来到人间，耶稣基督是尽可能贴近人的有限性的上帝。耶稣有肉身，有悲哀疼痛甚至死亡，但耶稣也是最接近上帝的人，所以他可以复活，为人类赎罪，也就是脱离有限，回归上帝，因此耶稣是人类从有限回归到无限上帝的桥梁。
因此耶稣说：“我就是道路、真理、生命，若不借着我，没有人能到父那里。 你们若认识我，也会认识我的父。从现在起，你们不但认识祂，而且也看见祂了。”
只有通过耶稣，我们才能从有限看到无限。但也就是看到，因为人不可能拥有无限的能力，否则就是上帝了。但是我们可以光大自己的某些无限性。
有教友提供下面的话，我觉得很好：
上帝先造天地万物，而后造人。耶穌是人类之光，更是天地万物之光（神第一天就造了光）。箴言第八章是论智慧的，而箴言8:22-31节是特别有关创造万物的智慧。神的真理包含二大类：一是有关人类社会之真理，二是有关自然界的真理 - 如数学、物理、生物等定律及万物运行生长之规律。《圣经》里的智慧也有二大类：第一是为人的智慧，第二是做事的智慧。《圣经》对第二类智慧论说少得多，并非神不看重它，而是第二类智慧与罪无关。出埃及记35:30-35节论说比撒列及亚何利亚伯，倆人都是被神的灵充满的… 出埃及记36-39章用四章篇幅来描述巧匠们做会幕等工作，说明拥有第二类智慧是多么被神所看重、多么讨神的喜悦！科学是探索自然界之真理（发现规律等具体）科学与信仰没有矛盾（虔诚信神的伟大科学家很多！）。